錦糸町駅は明治２７年１２月、同年７月にすでに開業済みだった総武鉄道市川から佐倉間を延長する形で開業した駅です。当時の駅名は本所といい、起点駅でした。明治３７年４月５日に両国橋（現在の両国）へ再延伸しました。
　昭和４７年７月１５日には東京〜錦糸町間の地下線が開業し、錦糸町駅は東京からの快速線と御茶ノ水からの緩行線の合流地点となり、これと同時に総武本線の起点は東京駅に移りました。御茶ノ水〜錦糸町間は支線に格下げされその後、平成１５年には半蔵門線が乗り入れ、現在に至っています。